Las aguas marinas andaluzas se extienden desde el Golfo de Cádiz, en el Atlántico, hasta el mar de Alborán, en el Mediterráneo. En la aparente homogeniedad de estas aguas se esconde una diversidad de ecosistemas parecida a la que podemos apreciar en tierra firme.
Los fondos son, en el Mediterráneo, duros y rocosos, y en el Atlántico, blandos y fangosos. También la temperatura, salinidad y nutrientes diferencian las aguas de uno y otro mar.
El Atlántico es un mar de aguas frías y en continuo movimiento; por el contrario, las aguas del Mediterráneo son más cálidas y tienen una mayor concentración de sal. Pero las aguas no están quietas: olas, mareas y corrientes cambian continuamente las condiciones de nuestros mares. A través del Estrecho de Gibraltar, las aguas Atlánticas, ricas en plancton, penetran y fertilizan el mar de Alborán. Allí se calientan, se salinizan y vuelven al Atlántico.
Las mezclas de aguas entre los mares andaluces permite la existencia de especies atlánticas en el mar de Alborán y de especies propias del Mediterráneo en el Golfo de Cádiz.
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